НИИССУ выполняет работы по созданию специализированных систем в интересах Правительства и высшего руководства Минобороны РФ. В настоящее время институт имеет статус головного предприятия по созданию полевой системы связи Вооруженных Сил Российской Федерации, а также участвует в создании ряда других объектов и систем автоматизации управления в интересах Минобороны РФ и других ведомств.