во первых не торговая а трудовая инспекция, во вторых если сотрудники компании написали туда жалобы и трудовой инспектор проведя проверку по предоставленным фактам убедится что работодатель нарушает права своих работников ,а нарушения на лицо думаю наврятли в один прекрасный день все сотрудники одной компании по собственному желанию решили стать индивидуальными предпринимателями и более того став ими решили заключить договор о возмездном оказании услуг с этой же компанией, то материалы данной проверки могут быть направленны в прокуратуру а далее в суд той же самой трудовой инспекцией, и тогда уже этим будет заниматься другие органы